谢尔顿进入高中跳级，却在大学申请中遭遇“智商”无法解决的“人情世故”难题。
本季开篇，年仅11岁的小谢尔顿在母亲的强烈要求下，终于跳级进入了高中毕业班。然而，他引以为傲的物理天赋在高中课程中显得格格不入，因为他必须上一门必修课——体育和家政学。为了拿到毕业证，他不得不学习如何做苹果派和如何在躲避球游戏中不被砸哭。与此同时，双胞胎姐姐米西进入了青春期，她讨厌家里的所有人都把她当作“谢尔顿的妹妹”，并开始在校报上写专栏吐槽天才家庭的生活，意外走红。哥哥乔治则偷偷去汽车修理厂打工攒钱，希望有一天能离开这个小镇。本季最大的冲突在于，谢尔顿同时申请了三所大学：德州大学、加州理工和麻省理工。他没有意识到，因为他在小学时曾写长信辱骂过麻省理工的招生办关于“消防栓设计的不合理”，导致他的申请直接被丢进垃圾桶。在母亲的泪水和神父的指点下，谢尔顿第一次学会了“为自己的言论道歉”，即使他依然认为自己没错。
第三季依旧保持了高水准，小谢尔顿的“毒舌”依然好笑，但本季明显加强了家庭成员的刻画。米西的线甚至比谢尔顿的更精彩。最后的道歉戏是全剧泪点，即便不合群，爱依然是通用的语言。
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